大金瓦殿,位于全寺正中。藏语称为“赛尔顿庆莫”,即金瓦的意思。其建筑面积为450平方米。大金瓦殿初建于公元1560年,后于公元1711年,用黄金1300两,白银一万多两改屋顶为金顶,形成了三层重檐歇山式金顶,后来又在檐口上下装饰了镀金云头、滴水莲瓣。飞脊装有宝塔及一对“火焰掌”。四角设有金刚 套兽和铜铃。底层为硫璃砖墙壁,二层是边麻墙藏窗,突出金色梵文宝镜,正面柱廊用藏毯包裹,殿内还悬挂着乾隆皇帝御赐的金匾,匾额题字为"梵教法幢"。进入大金瓦殿内,迎面矗立着12.5米高的大银塔,这就是宗喀巴诞生的地方。大银塔以纯银作底座,镀以黄金,并镶嵌各种珠宝,裹以数十层白色“哈达”,以示高贵。塔上有一龛,内塑有宗喀巴像,塔前陈放有各式酥油灯盏,银鼓号角,玉炉金幢。梁枋上布满了帷、幡、绣佛、围帐及布陈天花藻井,层层哈达,琳琅满目。整个建筑庄严大方,雄伟壮观,阳光之下,金光灿烂,光彩夺目。