国清寺始建于隋文帝开皇十八年(598年),是依据天台宗创始人智顗亲手所画的样式所建的。智顗开创天台宗

从唐大中朝到清雍正朝的880多年间,国清寺几度或毁于兵火,或摧于风暴,但都是屡毁屡建。每次重修,寺宇规模都有所发展,位置也越来越往下移至山麓平旷地带。国清寺究竟何时移到现在的位置,并形成现在的布局已很难查考。但从明人李汶在《游天台纪略》一文中提到的国清寺“最后委藏处石泉,名锡杖泉”句分析,可见当时锡杖泉已在寺的最后,即今位置。那么说明至迟在明代,国清寺已移至今址,并基本完成现在的布局。另外,而今梅亭的位置上原建有迦蓝殿三间,系明代建筑,也可从旁说明。

清雍正十二年(1734年),国清寺进行了一次全面的整修,这就是我们现在看到的国清寺了。在大雄宝殿左侧有一座梅亭，亭前花坛植有老梅一株，苍老挺拔，传为天台宗五祖手栽，俗称“隋梅”。这大概是我国现存最老的一棵梅树了。解放前，因照料不周，隋梅曾数度枯萎；解放后，经过精心照料，隋梅转青，当花开时，疏枝横空，暗香浮动。

据推测“国清寺”这三个字可能确为雍正皇帝书写。