一处以史料文物、建筑、雕塑、影视等综合手法，全面展示“南京大屠杀”惨案的专史陈列馆，位于原日军大屠杀遗址之一的万人坑。
在平顶半地下墓室形的史料陈列厅内，展出的史料包括当年日军屠杀现场照片、幸存者名册及证词、大屠杀时日军使用的军用品、犯下罪行的日军官兵日记及供词等。
展厅中还设有数个影视厅，用于播放有关南京大屠杀和抗战题材的纪录片、影视片。
在棺椁状的遗骨陈列室中，可以看到从“万人坑”中挖出的部分遇难者遗骨，这是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证。
“12秒”的流星装置，每隔12秒有一颗流星从高空落下，这意味着三十万同胞在六个星期内遇难的数字，如果用秒计算，每隔12秒就有一条生命消失了。纪念馆每年12月13日举行国家公祭仪式。