哲蚌寺建筑结构严密，殿宇相接、群楼层叠，每个建筑单位基本上分为三个地平层次，即落院、经堂和佛殿，形成由大门到佛殿逐层升高的格局，强调和突出了佛殿的尊贵地位。其中规模宏大、雄奇庄严的措钦大殿，错落有致；不拘一格的德阳扎仓，粗厚古朴；布局严密的阿马巴扎仓，高耸森严；富丽常皇的甘丹颇章等都是西藏大型建筑的代表。在建筑外部又采用金顶、法轮、宝幢、八宝等佛教题材加以装饰，增强了佛教的庄严气氛，使建筑整体上显得更加宏伟壮观。1464年，哲蚌寺建立僧院，传授佛教经典。寺内共有4个僧院（扎仓）、29个康村。哲蚌寺主要由措钦大殿、四大扎仓（即罗赛林扎仓、德阳扎仓、阿巴扎仓、郭芒扎仓）和甘丹颇章几部分组成。